国库集中支付将过去财政部门业务处室根据预算单位的年度预算代编用款计划，每月初一次性拨付全月的资金给预算单位，改为由预算单位根据年度预算提出分月用款计划，在计划范围内依实际需要提出用款申请，由国库支付系统将资金直接支付给商品和劳务供应者或用款单位。实行国库集中支付系统能够做到实时支付、当日清算，从而提高支付效率。国库集中支付系统把财政规章、制度固化到系统中去，减少人为因素，从而加强对资金支付过程的监控，增强资金支付的透明度。实行国库集中支付系统可以实现信息共享，通过系统预算单位还可以随时了解本单位资金使用和运行情况并利用先进的信息化技术向各预算单位提供便捷、高效的服务。